Самурайство зародилось на востоке, северо-востоке и крайнем юге Японии. На окраинах империи издревле осевшие здесь племена айну ожесточённо обороняли свои земли от императорских войск. Основу самурайства составили беглые крестьяне. Вплоть до конца IX века, прежде всего на севере нынешней территории Японии, шла война. Со временем правительство стало поощрять переселение беглых крестьян на север. Поселенцы, получившие вооружение от властей, вели с айнами более эффективную борьбу нежели военные правительственные экспедиции.
Другой не менее важной причиной образования сословия стало то, что в 645г. после победы в борьбе за власть двух домов родоплеменной знати (Сумэраги и Накотоми), на престол был возведен представитель победившей коалиции – 36 император Японии Котоку. Приход к власти Котоку получил в Японской истории название "переворот Тайка". Этот переворот способствовал развитию японского раннефеодального монархического государства. В результате реформ вся земля переставала быть собственностью сельской общины, она объявлялась императорской собственностью и отдавалась крестьянам во временное пользование. Надельное крестьянство превратилось в сословие феодального общества, которое стали называть "рёмин". Наряду с наделами крестьян существовали наделы господствующего класса, однако они существенно отличались от крестьянских земель размерами, зависевшими от титула или должности владельца.
Жестокая эксплуатация, тяжелое налоговое обложение, многочисленные повинности и стремление крупных землевладельцев захватить крестьянские участки. Все это вызывало у крестьянства недовольство, часто переходившее в открытое сопротивление. Одной из форм протеста крестьян были побеги из своих земель. Беглых стали называть "ронин". Многие из них группировались в разбойничьи шайки, которые с одной стороны занимались грабежом, с другой – шли на службу в частные владения, становились служилыми людьми при крупных буддийских храмах.
С 10 века в Японии все сильнее развиваются центробежные тенденции, сепаратизм отдельных провинций, политическая раздробленность, порожденные усилением феодалов на периферии. По мере роста и усиления крупных феодальных поместий мелкие землевладельцы, не сумевшие увеличить свои земли оказывались перед угрозой поглощения крупными земельными феодалами. Также им угрожала опасность со стороны крестьянских отрядов. То есть они были вынуждены отдавать себя под защиту и покровительство крупных феодалов.
Данные явления имели также важное значение для развития и укрепления феодальных самурайских дружин, так как каждый мелкий землевладелец, пользовавшийся защитой своего сюзерена, обязан был ему военной службой. Эти дружинники постепенно превращались из "дворцовых самураев" в самураев нового типа – вооруженных слуг, получавших от своего хозяина за верную службу содержание.

Начало выделения самураев как особого сословия обычно датируется периодом правления в Японии феодального дома Минамото (1192—1333). Предшествовавшая этому затяжная и кровопролитная гражданская война ( «Война Гэмпэй» (1180-1185)) между феодальными домами Тайра и Минамото создала предпосылки для установления сёгуната — правления самурайского сословия с верховным военачальником («сёгуном») во главе.
В 1185 году войска Минамото заняли столицу, принудив бежать верхушку рода Тайра. Новым фактическим правителем Японии стал Минамото Ёримото. В 1192 году он получил от императора титул сёгуна, став военным правителем страны. Но он не стал ставить под сомнение "божественное" происхождение императорской семьи, но в то же время и не давал императору никаких реальных прав и властных функций, сохранив их за собой.
С этой целью, а так же, чтобы не погрязнуть в дворцовых интригах и не допустить морального разложения своих воинов, Ёримото перенес свою ставку из тогдашней столицы Японии Киото в деревню Камакура. Там было сформировано военное правительство Японии – бакуфу (буквально - полевая ставка). Ранг сёгуна давал Минамото власть над единственной реальной силой государства – самураями. Ими с того времени стали считаться все военные дворяне, включая и самого Ёримото. Внутри сословия воинов существовала своя градация – в зависимости от доходов или официального поста. Верхушкой класса самураев были даймё – крупные военные феодалы, владеющие большими земельными наделами и имеющие собственных самураев. Они, в свою очередь, составляли дружины, являющиеся основной военной силой нового типа государства – сёгуната. Первоначально эти дружины состояли из самураев среднего и высшего рангов – жителей тех местностей, которыми владели их князья, и являвшихся их вассалами – кэнин. В свою очередь, по отношению к сёгуну они становились вассалами второго порядка – байсин или хигогокэнин, в отличие от прямых вассалов – гокэнин и хатамото. 2000 первых гокэнин были стержнем военного аппарата сёгуната. Сёгун ведал ими непосредственно, и сам руководил их действиями. Из его рук гокэнин получали чины и награды, он же защищал их интересы. Гокэнин обязаны в случае необходимости руководить дружинами своих областей, платили ежегодный налог и несли воинскую повинность. В награду гокэнин, как правило, получали земли в дополнение к наделам, имевшимся у них по наследственному праву или полученным как жалование сёгуна. Военное правительство бакуфу строго следило за состоянием земельного вопроса среди самураев, справедливо полагая, что это является залогом экономической мощи всего сословия.
Таким образом, все стороны жизни в стране попали под контроль военной администрации сёгуната.
Когда Минамото Ёримото умер, его сыновья оказались не способны удержать власть в своих руках. Для управления страной был создан Совет регентов. Во главе его встали представители клана Ходзё.
Этот период (с 1185-го по 1333 г) получил название Камакура (по названию ставки сегуна). Эпоха Камакура была временем междоусобных войн и доминирования сословия самураев. Официальной религией сёгуната стал дзэн. Дзэнские монастыри, объединённые в систему годзан, развивали на китайской основе собственную высокую культуру годзан бунка, из которой хорошо известна литература годзан бунгаку.
В это время произошли монгольские вторжения в Японию, и сравнительно лёгкая победа над врагом, обеспеченная тайфунами, повлияла на сложение национального самосознания. Во время этих вторжений страна обрела свой современный флаг.